“Hak Dini Kur’an Dili” adlı başarılı tefsiri ile bilinen Elmalılı’ya göre, Kur’an-ı Kerim hiçbir dile hakkıyla tercüme edilemez. İhtiva ettiği manaları anlamak zor olmamakla birlikte Kur’an’ı tefsir edebilmek için kelimelerin gerçek anlamını belirlemek önemlidir. Lafız ve mana bakımından ilişkili olan kelimeler arasında bağlantı kurmak, lafızların yer aldığı metnin genel kompozisyonunu dikkate almak ve neticede kastedilen asıl mana ile tali manaları ayırt etmek gerekir.

Elmalılı, tefsirini hazırlarken bazı önemli müfessirlerin eserlerinden geniş ölçüde faydalanırken fıkhi konularda genellikle Hanefi mezhebinin kaynakları ile yetindi.

Kur’an-ı Kerim’i tefsir ederken döneminin tartışma konularına da yer verip bunlardan Kur’an’a uygun olan görüşleri belirlemeye çalıştı.

“Hak Dini Kur’an Dili’nin çoğunlukla geleneksel tefsir çizgisinde yer aldığı kabul edilmekle beraber bazı ayetlere kendisinden önceki alimlerin verdiği anlamlar yerine yeni anlamlar vermesi onun orijinal tefsir yapabilen bir alim olduğunu kanıtladı.

Fıkıh ve usul-i fıkıh sahasına da çok hakim olan Muhammed Hamdi, tasavvufla da ilgilendi. Tefsirini hazırlarken vahdet-i vücut konusunda yer yer eleştirdiği İbnü’l-Arabi’den bol miktarda alıntılar yapması ve zaman zaman sufi meşrepli bir üslup kullanması tasavvufi temayülünün işaretleri sayılır. 3-4 yıl aralıksız felsefe ile meşgul olan Muhammed Hamdi, Batılı bazı yazarların mantık ve felsefe kitaplarını tercüme etmek, pozitivizm, materyalizm ve evrim teorisi başta olmak üzere çeşitli felsefi sistemleri eleştirerek, felsefede de söz sahibi bir alim olduğunu gösterdi.

İtikadi konuları desteklemek amacıyla felsefeye yönelen Elmalılı, aynı zamanda yeni devrin önemli bir kelam alimi. Her ne kadar kelam ilmine dair müstakil bir eseri yoksa da tefsirinde kelami problemlere büyük bir yer ayırarak hepsine çözümler getirmeye çalıştı.